A autarquia foi criada pelo Decreto-lei 7.957 de 13 de setembro de 1945 e reorganizado pela Lei 3.268 de 30 de setembro 1957 e regulamentada pelo decreto 44.045 de 19 de julho de 1959. O Conselho nasceu com a missão preservar o perfeito desempenho da Medicina, nos limites de sua competência, supervisionar o cumprimento das normas da ética profissional e, ao mesmo tempo julgar e disciplinar a classe médica cabendo-lhe zelar e trabalhar pelo perfeito desempenho ético da Medicina e pelo prestígio e bom conceito da profissão dos que a exerçam legalmente.

O primeiro presidente do CRM-AP foi nomeado pelo Conselho Federal de Medicina (CFM) e se chamada Dr. Antônio Tancredi. O médico foi empossado no dia nove de fevereiro de 1959, no salão nobre do antigo Hospital Geral, onde funciona o atual Hospital de Clínicas Dr. Alberto Lima. A primeira diretoria era composta pelos médicos: Juliana Paraense dos Santos, Mário Barbosa, Alberto Lima e Augusto Nilson Pinto, respectivamente secretária, tesoureiro e membros.

O dia 16 de setembro de 1963 foi um marco histórico na história do CRM-AP. Nessa data foi realizada a primeira eleição para membros efetivos e suplentes do Conselho. Dos vinte médicos inscritos, na época, 16 participaram da escolha. Ao meio dia, do dia 30 de janeiro de 1964, no salão nobre do Hospital Geral, a nova diretoria do CRM-AP tomava posse. Os médicos Orlando de Saboya Barros, Juliana Paraense dos Santos, Vicente de Paula Paiva, Alberto da Silva Lima e Jorge Netto da Costa foram eleitos como membros efetivos. Os doutores Edmundo Juarez, Manoel J. de A. Carvalho Brasil, Emília Martins Ventura Picanço, Javan Valle de Melo, José Ribamar Cavalcante de Mello ficaram como membros suplentes.